研究所先后与美国、欧盟、加拿大、新西兰、芬兰、瑞典、FAO等国家、国际组织和机构建立了广泛的合作和联系。现建有“中瑞生物多样性与生态农业联合实验室” 、“中瑞农业和环境技术联合实验室”、 “中芬农业环境技术联合实验室”等国际合作交流平台。

中瑞生物多样性与生态农业联合实验室

中瑞生物多样性与生态农业联合实验室由农业农村部环境保护科研监测所与瑞士联邦农业科学院共同建立，成立于2019年5月。充分利用中瑞双方在农田生物多样性和农田生态景观建设方面的优势开展合作研究，将推动原始创新与人才培养，提升农田生态系统功能，为国家和区域农业绿色安全高质量发展提供理论依据和技术支撑。

中瑞生物多样性与生态农业联合实验室

中瑞农业和环境技术联合实验室

依托2012年中国和瑞典两国农业部长签署的合作谅解备忘录及中国农业科学院与瑞典农业大学签署的农业科技合作协议，农业农村部环境保护科研监测所发起并联合瑞典农业大学及瑞典农业与环境工程研究所共建“中瑞农业和环境技术联合实验室”，并于2013年1月23日由中瑞双方农业部部长共同揭牌成立。

中瑞农业和环境技术联合实验室

中芬农业环境技术联合实验室

依托2014年芬兰农林部与中国农业部两国政府间的合作框架平台（CF-PADI），落实双方签署的《2015-2016年中芬农业合作行动计划》，以及2015年9月由农业农村部环境保护科研监测所（AEPI）与芬兰自然资源研究所（LUKE）在赫尔辛基共同签署的《中芬农业环境科技合作协议》（以下简称“协议”），双方于2015年12月在海南举办的中芬农业合作工作组第三次会议上由双方农业部领导揭牌成立。

中芬农业环境技术联合实验室