农业农村部环境保护科研监测所成立于1979年，是我国从事农业农村环境保护科学研究和监测的专业机构，1997年划归中国农科院，2002年获批为非营利性科研机构。研究所始终坚持“创新、求是、协和、笃行”的发展理念，坚持“四个面向”，建设“两个一流”，重点围绕农田污染防治、农业环境监测与预警、生态循环农业和乡村生态环境治理四大学科领域的基础性、战略性、关键性、应急性重大科技问题，努力把研究所建设成为国际一流、国内领先的农业农村环境保护和监测科技创新中心、技术交流与转化中心和高层次人才培养中心，为我国现代农业发展和乡村振兴战略实施提供科技支撑。

建所以来，先后承担了国家“863”“973”、国家科技攻关、国家科技支撑计划项目、国家重点研发专项、国家自然科学基金、农业农村部公益性行业科研专项、省部级科技发展计划项目及自然科学基金等750余项，取得成果1000余项，其中获国家和省部级奖励120余项，获得国家授权专利380余项。在国内外学术刊物发表论文2600余篇，主编或副主编出版著作130余部。

全所正式职工131人，包括正高级专家28人（其中二级岗位2人，三级岗位6人），副高级专家59人；离退休职工83人；目前共有博士生导师14名，硕士生导师63名。科技人才包括国务政府特殊津贴专家1人，国家级人才2人，全国农业科研杰出人才2人，天津市“131”创新型人才团队2个，天津市“131”创新型人才培养工程第一层次人选6人，天津市高层次引进人才1人，天津市青年拔尖人才2人，天津市创新人才推进计划青年科技优秀人才1人，中国农业科学院农科英才领军人才2人，中国农业科学院科研英才培育工程院级入选者1人，中国农业科学院青年英才1人，所级人才24人。

全所拥有国家野外科学观测站1个（国家农业环境大理观测实验站）、省部级野外科学观测站及实验基地3个（中国农业科学院武清转基因生物农田生态系统影响野外科学观测试验站、国家农业科学试验站（湖南湘潭）、国家农业科学试验站（山东庆云）），省部级实验室7个（农业农村部产地环境污染防控重点实验室、国家农业检测基准实验室（农药残留）、农业农村部农产品质量安全环境因子控制重点实验室、农业农村部农产品质量安全环境因子风险评估实验室（天津）、农业农村部农村厕所与污水治理技术重点实验室、农业农村部华北平原农业绿色低碳重点实验室、天津市农业环境与农产品安全重点实验室），工程中心2个（天津市农田生态与环境修复技术工程中心、天津市规模畜禽养殖场环境污染控制技术工程中心），部级质检中心2个（农业农村部环境质量监督检验测试中心（天津）、农业农村部植物生态环境监督检验测试中心(天津)），国际合作平台6个（中芬农业环境技术联合实验室、中瑞农业和环境技术联合实验室、中瑞生物多样性与生态农业联合实验室、中蒙农业环境多源监测与时空演变联合实验室、中英农业环境污染防治联合研究中心、中泰农业环境固体废弃物循环利用联合研究中心），国家农业科技创新联盟2个（农产品产地重金属污染综合防控协同创新联盟、乡村环境治理科技创新联盟），最高人民法院入册机构1个（农业生态环境及农产品质量安全司法鉴定中心），主办期刊2个（《农业环境科学学报》《农业资源与环境学报》）。